Berkaitan dengan visi dan misi seperti terurai di atas, Ponpes Al Fatah memiliki tujuan yang secara operasional terdeskripsi seperti berikut:

• ✔ Terciptanya warga sekolah yang semakin beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa.
• ✔ Terwujudnya kesadaran Nasionalisme warga sekolah dan terbiasa hidup dengan mengedepankan kepentingan berbangsa dan bernegara.
• ✔ Terwujudnya kesadaran terbiasa bersikap sopan santun, berdisiplin, berbudaya dan berbudi pekerti luhur.
• ✔ Terwujudnya kesadaran warga sekolah terbiasa hidup bersih dan peduli lingkungan sehingga dapat menciptakan suasana yang nyaman dan asri.
• ✔ Terwujudnya proses pembelajaran secara efektif sehingga siswa dapat berkembang secara optimal.
• ✔ Terwujudnya penggunaan sarana dan prasarana sekolah untuk menciptakan pembelajaran yang optimal.
• ✔ Terselenggaranya kegiatan pelatihan dan keterampilan yang efektif bagi warga sekolah.
• ✔ Terwujudnya warga sekolah yang mampu bersaing dalam kejuaraan, baik di bidang akademik maupun non akademik.
• ✔ Terwujudnya semangat berkompetisi secara positif kepada warga sekolah untuk mengembangkan potensi diri yang dimiliki secara optimal.